L'attaque de Lake Victoria a beau être terminée, les piranhas pré-historiques ont survécu dans les canalisations de la ville. Ils trouvent désormais le chemin des piscines et d'un nouveau parc aquatique qui vient d'être inauguré...
Suite à la disparition de sa soeur partie camper, Clay Miller tente par tous les moyens de la retrouver. Ses recherches le mènent dans la ville de Crystal Lake, notoire grâce à des meurtres commis dans un camp de vacances trente ans plus tôt. Alors qu'il fait du porte à porte pour tenter d'amasser des informations, Clay fait la rencontre d'une bande d'adolescents venus faire la fête près du lac de Crystal Lake. Bien que sa quête suscite des réactions mitigées auprès du groupe, Clay devra s'allier avec les adolescents pour tenter de survivre aux attaques d'un tueur sauvage habitant les parages.